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为什么在荀子死后的两千多年，对荀子有这样不同的评价呢？原因很复杂，也很简单。
首先是因为儒学传统中的保守缺陷。
从孔子创办儒学开始，主张“述而不作”。老师只学习、传授、解释儒家经典，自己不创造新观点，不写新文章。孔子把六经当作经典，孔子、孟子的学生把孔子、孟子的话当作经典，一代一代往下传。
并不是说儒学的经典不好，而是说，这样传授儒学的方法带来一个很大的弊端。只按照经典宣讲，不能够创新，不允许创新，长久下去，就把儒学引进一条死胡同。在荀子之前，儒学几乎灭亡的命运就是证明。
荀子开辟道路，把儒学引出了这条死胡同，让儒学走到社会实践中去，儒学才有了新生。可是，后来保守思想再度占领了儒学的统治地位，他们捍卫儒学照本宣科的保守传统，把曾经挽救儒学生命的荀子当作异端。
反对荀子的学者给荀子的最大罪名是“悖于圣人”。就是说，荀子的思想是自己的独创，和孔子、孟子不一样。孔子孟子，是他们判断荀子是非的最高标准。
孔子生活在春秋时代。周王朝的时候“礼乐征伐自天子出”，以后诸侯国的力量逐渐强大，“礼乐征伐从天子出”的规矩被破坏，变成了礼乐征伐从诸侯出，与周王朝分庭抗礼，天下大乱。孔子感到社会很不安定，创立儒学，周游列国，到处宣讲应当恢复周王朝的礼乐制度，以维护安定的社会秩序。可是，诸侯出于自身的利益，对孔子的话不愿意
听从。孔子死后，他创建的儒学因为不合时宜，也就渐渐地衰落。弟子们把孔子的话记录下来，称之为《论语》。
一百多年之后，孟子继承孔子的事业，继续弘扬儒学。这个时候已经进入战国时期。在华夏大地上出现了百家争鸣的气象。倡导为我主义的杨朱学派，与倡导平等博爱的墨子学派，他们的主张比较接近现实，所以很受人欢迎。孟子站在儒家的立场上，对杨朱学派和墨子学派进行激烈的抨击。孟子强调孔子学说中的“仁”字。他周游列国，游说他的仁政学说。但诸侯认为孟子讲的主张距离现实太远，无人采纳。孟子去世之后，弟子们把他的话记录下来称之为《孟子》。
孟子的地位在宋代以前并不高。自从韩愈将孟子列为先秦儒家中唯一继承孔子“道统”的人物，出现了一个孟子的“升格运动”，孟子的地位才逐渐提升。南宋的朱熹把《孟子》一书与《论语》《大学》《中庸》合称为“四书”，在社会上推广。到元朝，孟子被加封为“亚圣公”，以后就称为“亚圣”，地位仅次于孔子。把孟子的思想与孔子的思想合称为“孔孟之道”。
荀子所处的时代和他们两个人不同，是战国末期，七雄并立。七国经过变法，成为封建专制主义的中央集权制国家。他们用郡县制度代替了按照亲疏远近分封权力的宗法制度。用以军功大小定爵位和等级的官僚制度，代替了儿子继承老子的世袭制度。孔子所向往的西周时代的制度，一去不复返，社会的总倾向是走向天下一统。
所谓的荀子“喜为异说”，是荀子根据时代的变化和要求，在孔子思想的基础上，做出的理论创新，为建立中华大一统的国家，创造性地制定出可以用于实践的“礼法并举”“王霸并用”等一整套理论体系。
荀子所创建的荀学，是发展了的儒学，是与时倶进的儒学，是儒学生存所必需，是历史的必然。简单地用孔子和孟子的思想为标准去衡量荀子的思想，如同刻舟求剑，是极其错误的。
孔孟的儒学“述而不作”，反对独立思考，排斥独创性，这是儒学传统的弊端。荀子的被扼杀，正暴露出孔孟儒学的弱点。荀子是孔孟儒学保守性缺陷的牺牲品，最大的受害者。
第二，荀子在反对者的心中有难言的忌讳。
荀子有两个观点让君王和正人君子们都讨厌。一个是“明于天人之分”，一个是“人之性恶”。
古代的君王都标榜自己是天帝的儿子，他是代表天帝来治理百姓的，所谓“君权神授”，他们借此来蒙骗百姓，统治百姓。①
荀子写下《天论》，讲“明于天人之分”“天行有常，不为尧存，不为桀亡”。呼唤人把天和人区分开来，人是人，天是天，不能混淆在一起。言外之意，什么天帝的儿子，什么“君权神授”，全是假话、骗人。
荀子的这个观点对于君王来说，是釜底抽薪，戳穿了他们的骗人把戏，直接威胁着他们的统治地位。对于这样一个学者，尽管学问很大，名声很高，历代的封建君王能喜欢吗？能抬举他吗？所以，无论荀子说的道理多么正确，无论荀子讲的治国办法多么可行，君王们只会在实际行为中运用他的办法，却不会推崇荀子这个人。
由此我们可以明白，为什么在汉代，朝廷内外正在热心推崇荀子学说的时候，汉文帝把孟子的书设立专职博士给学子传授；却不把荀子的书设立专职博士，传授学子，个中隐情是不言自明的。汉文帝害怕学子们读了荀子的书，中了荀子的毒，也和荀子一样，否定他“君权神授”的特殊地位。
而孔子和孟子是相信“君权神授”的。“子曰：唯天子受命于天，士受命于君。孔子说只有天子是受命于天，士大夫们是受命于君王。这样的话，君王们看到了，听到了，能不高兴吗？能不抬举吗？
再一个，荀子的性恶论更让许多人讨厌。
君王既然认定自己是天帝的儿子，君王就是品德的楷模，天下的百姓们只能效法，谁也不能和他相比。
那些正人君子标榜自己是道德的传扬者，自然也高人一等。
可是荀子说，人的本性是恶的，人出生下来都一样。无论是君王、君子、圣人、农夫，天下所有的人都一样，本性都是恶的。没有哪个人天生下来就品德善良，人的善良品德是长大以后经过学习才有的。而且“学不可以已”111，每一个人都必须终生学习，遵守法律，修养身心，不断改变恶的本性，才能完善地走完一生。
荀子人性恶的观点，太刺耳，太尖锐，太难让那些君王、君子接受了。